Ya en 2024 volvieron las lesiones. No disputó los primeros 10 partidos de la Copa de la Liga y casi toda la fase de grupos de la Sudamericana. Retornó para los playoffs y en ese año varios problemas musculares lo marginaron de algunos encuentros. Con Gago como técnico, en 2025, jugó medio partido frente a Argentinos Juniors y faltó a otros cinco duelos, incluida la ida de la segunda fase previa de la Libertadores, en la increíble caída ante Alianza Lima.

Rojo se afianzó con Gago como DT, se puso en peso y rindió mejor este año, aunque otro problema extradeportivo lo complicó, ya que faltó a un entrenamiento dos días antes de la posterior derrota a manos de Independiente, de local, por los cuartos de final del Torneo Apertura, ya con Mariano Herrón como entrenador interino. Dio toda la impresión de que allí los directivos de Boca, liderados por Riquelme y con el apoyo del Consejo de Fútbol, decidieron que no jugara más con la azul y oro.

En el medio, quedó marcado por una inoportuna declaración tras la derrota ante River en el Monumental, cuando dijo que no estaban en deuda con los hinchas. Después se arrepintió, pero recibió algunos silbidos luego de ese Superclásico. Así y todo, viajó al Mundial de Clubes ya con Russo al mando del plantel. Costa consiguió la visa para sumarse al plantel algunos días después que sus compañeros y algunos creyeron que pelearían el puesto, pero el ex-Independiente fue titular contra Benfica y Bayern Munich. Y el arribo de Marco Pellegrino, procedente de Huracán, y titular frente a Auckland City, fue otro indicio de que el ciclo de Rojo acabaría pronto.